得点は認められません。キックが行われる前に侵入していたキッカーの味方選手がいた位置から、守備側チームによる間接フリーキック間接フリーキックで試合が再開されます。

ペナルティーエリアの外で起こった警告にならない、単なる直接フリーキックで罰する反則が、ペナルティーエリア内であったからという理由で、警告にすべきであるという意見は、ルールの解釈を誤っていると考えられます。従って、後者の意見が正しいと考えられます。

お尋ねの件については次のように考えます。
ペナルティーキックマークからのキックの規定の中に「主審にＧＫ交代を告げる文章はなく警告の対象になるとは考えられません」とのことについては、以下のように考えるのが妥当と思います。
それは、確かに文中には書かれていないのですが、ペナルティーマークからのキックは2019/20競技規則93ページに「試合後にペナルティーマークからのキックが行われるときも他に規定されていない限り、競技規則の関係諸条項が適用される」とあるように第３条の規定が適用されることになります。したがって、ＧＫが他の選手と交代する時には、事前に主審に告げなければなりません。
本件の場合は、貴殿は本部に確認したことをもって、交代を告げたと判断されたのだと思います。そのため、主審の警告に対して大きな疑義を持たれたことは当然であると思います。主審の処置は、ルール上は正しいといえるのですが、ペナルティーキックに入る前に選手の人数確認だけではなく交代の有無など事前の確認が必要であることを考えると、その辺の配慮の足りなさを感じます。事前の確認があれば警告を出さずにすんでいることになります。
以前、大学サッカーリーグでのことですが、後半がキックオフされた後に、場内放送で選手の交代が告げられ、それを聞いた主審が、当該選手を警告したケースがありました。これも主審が後半開始前に、選手の交代の有無を確認していれば無用の警告をせずに済んだものです。主審の処置はルール上正しくとも、適切とは言いがたいものといえます。